La struttura organizzativa della Federazione Italiana Shorinji Kempo si articola nella definizione di Organi Federali Centrali, Organi Federali Periferici ed Associazioni Affiliate. I componenti dei vari Organi Federali sono eletti dalle relative Assemblee dei Branch Masters, secondo le modalità e per tempi di mandato definiti nello Statuto e nel Regolamento Federale.
Consiglio Interregionale
Il Consiglio Interregionale è l'Organo di raccordo tra le componenti operative sul territorio, i Branch, e gli Organi Centrali della Federazione.
E' composto da un minimo di 5 ad un massimo di 8 membri dei quali due eletti dal Consiglio Federale – il Direttore Federale Interregionale ed il Segretario Interregionale - mentre i restanti Consiglieri Interregionali sono eletti ogni anno dall'Assemblea Interregionale.
E' presieduto dal Direttore Federale Interregionale e pianifica le attività su scala interregionale, in accordo con quanto deliberato dal Consiglio Federale ed in sintonia e cooperazione con le metodologie di attuazione indicate dalla Segreteria Generale.
Il Consiglio Interregionale delibera a maggioranza dei voti dei presenti; in caso di parità di voti prevale il voto del Direttore Federale Interregionale che ha facoltà di apporre veto su qualsiasi decisione presa non all'unanimità, rinviando l'argomento ad ulteriore discussione.
Direttori Federali Interregionali
Il Direttore Federale Interregionale è nominato, su proposta congiunta del Presidente e del Vice Presidente, dal Consiglio Federale e dura in carica fino all'esaurimento del mandato del Consiglio Federale e rappresenta in ambito locale il Presidente della Federazione.
E' responsabile della corretta applicazione sul territorio interregionale di quanto pianificato a livello nazionale dal Consiglio Federale, svolgendo il suo compito in sintonia e cooperazione con le metodologie di attuazione indicate dalla Segreteria Generale.
Coordina le attività e vigila sull'andamento generale delle varie entità locali rappresentate dalle varie Società affiliate e definisce, in accordo con il Consiglio Interregionale, il calendario di attività annuale previsto in ambito interregionale.
E' responsabile, assieme all'eventuale Branch Master di competenza, di qualsiasi anomalia tecnico-comportamentale evidenziatasi sul territorio.
Segretari Interregionali
Il Segretario Interregionale è nominato, su proposta del Segretario Generale, dal Consiglio Federale, dura in carica fino all'esaurimento del mandato del Consiglio Federale e rappresenta in ambito locale la Segreteria Generale.
E’ responsabile della raccolta dati e dell'aggiornamento dell'archivio dati locale e del corretto invio alla Segreteria Generale delle informazioni per l'aggiornamento dell'archivio generale, cura inoltre la tenuta del libro dei verbali dell'Assemblea Interregionale e del Consiglio Interregionale.
Opera sul territorio di competenza al di fuori delle precedenti voci solo su segnalazione della Segreteria Generale.